1936年随军到达陕北后，调瓦窑堡军政干校任军事主任教员，同年7月9日由军事教官胡道传介绍，第二次参加中共，属于“二进宫”。不久，任红军大学步兵学习校军事教员，1937年春升任主任军事教员。1938年冬调皖南新四军军部工作，任教导总队训练部长、副总队长，新四军军部北移时任第一纵队参谋长。
1941年1月7日“皖南事变”发生。赵希仲随队突围中被国军108师俘虏。国军发现他是新四军重要干部，除急电重庆国民政府军事委员会报功外，同时派出重兵将他押送到上官云相司令部。赵自以为已经没有前途，即叛变中共，供出新四军在皖南的人数、武器装备、军事行动及新四军许多领导人的姓名、籍贯年龄、学历和特征等大量情况，因而受到优待，成了第三战区的座上客。
1941年春，赵希仲与赵凌波一起，由国军用汽车“护送”到江西上饶县上饶集中营七峰岩监狱。同年6月，赵希仲与赵凌波一道自动声明脱离中共。声明称“深自反悔，今已彻底觉悟”，“正式退出该党，与该党脱离一切关系，今后决心信仰三民主义，愿在中国国民党暨总裁领导下，努力抗战建国，誓死不渝。”同时，赵希仲与赵凌波办了书面的自新手续。嗣经第三战区司令长官司司令部电请国民政府军事委员会“准予自新”。
赵希仲叛变后，上饶集中营特务首脑张超，即委任他为集中营中校军事教官。主要从事对被俘人员的感化工作。
1942年4月，上饶集中营的“军官大队”、“特别训练班”奉命撤并，对外公开名称改为“战时青年训导东南分团”。5月，日军进攻浙赣线，逼向上饶。东南分团于6 月5日从驻地周田村出发，往闽北转移。全体被囚人士，在荷Q实弹的宪兵押解下，冒着酷暑烈日，艰难地行进着。当在石塘镇宿营的6月7日深夜，赵乘教官组其他政治、军事教官们熟睡中，偷开宿营地后门逃出来。
赵希仲逃离“东南分团”后，开始到处流浪，当流浪到浙江金华时，因言语不同，形迹可疑，又无良民证，引起日本几个的注意而被逮捕，交日本通讯队服苦役，后转送日军义乌工作班搞杂务，并帮助记伙食账和帮办文书，半年后获释。
1943年2月，流落到义乌做小生意。同年6月，别人介绍他到杭州河坊街三友饼干店做摇面机工人，不久又被日本人抓去，并押在警备部，以“严重危害社会治安”被判处死刑，因证据不足没有批准执行，一直关押到日本无条件投降后的1946年初，以政治犯被释放出来，辗转回到长安县老家。到老家后，国民党“中统”几个把他看作是共产党“匪犯”，打算逮捕他。赵闻风后逃到甘岷县，惨淡以营小本买卖过日，直到当地中共解放返回老家。
