在审讯过程中，根本博一行如实招供了身份，并告知是到中国去帮助国民党总裁蒋介石“剿共”的，请求美国宪兵放行。由于此事涉及蒋介石，加之根本博原来的军阶比较高，美军宪兵感到难以做主，将此事报告了盟军总部。盟军总司令麦克阿瑟虽觉此事很荒唐，但因其在思想深处极端仇视中国共产党及其军队，所以对此事就像木匠吊线——睁一只眼闭一只眼，并不准宪兵对外张扬。
根本博一行被关了一段时间后，麦克阿瑟又下令将其释放。他们出来休整了几天，决定继续往上海进发。行到中途，他们又得到上海已被解放军攻克、蒋介石要他们转往台湾的消息。他们决定改变航向，急速往台湾基隆方向前进。
没有料到，到琉球附近时，突遇台风，船被风浪掀翻，他们全都落水，有三人因不会游泳，险些丧命。正当他们在风浪中拼命挣扎时，恰遇一艘美军的大型军舰到此处执行任务，便将他们从海里捞了出来。6月10日，美军用一艘小型军舰将他们秘密送往台湾基隆。
根本博等辗转赴台
带领根本博到台的李姓参谋系本岛人，根本博、吉川等人上岸后，他感到北平失了，京沪也未守住，聘的这批日本军官已不起作用，自己也暂无工作可做，便将根本博等人交给在台的军事机关就回家了。
根本博、吉川源三等人无事可做，只得在台闲住。为了保密，他们一直不敢暴露身份，但心里却时时盼着蒋介石召见。由于国民党军队在大陆兵败如山倒，老蒋心乱如麻，一时顾不到根本博一行，根本博一行觉得国民党政府怠慢了他们，时常吐露怨言。
由于根本博与李姓参谋有债务关系，他们闲得无聊时，又常去找李姓参谋要钱。李姓参谋感到无奈，对他们说：“平津、京沪杭地区虽然失守，国共战争并未结束，你们仍有发挥专长的机会。你们来中国垫付的资金，我将向政府反映还给你们。”
到6月底，有人将此事报告给台湾省主席陈诚。陈诚听了一惊：怎么会把日本战犯弄到中国帮助打仗呢?共产党如知道此事，一宣传出去，国民党的领导人还有何形象?政府如何向社会交代?
他向好几个要人打听是谁将这批日本人弄到中国来的，被问的人都说不知道。
1949年7月13日，国民党要员谷正纲、陈雪屏、雷震就改造国民党的问题专程去向陈诚作说明时，陈诚说：“我这一段时间开会不大讲话，是因为心情很不好，主要是蒋介石太爱管细事，胡乱训人，许多事情又不与人商量，弄得我很不好做事。”陈诚说到这里，举出日本战犯根本博一行来台的例子说：“已有六七个日本旧军人到台湾来了，不知他们是为何而来，也不知是谁请来的，总裁办公室突然来个电话，叫我们省政府给他们提供吃住的地方。我问这些日本人是谁请来的，他们都不说，似乎很机密，连我也问不出来，这叫我怎么做事?”
