遗体不翼而飞 原因尚不明
墓室呈正方形，边长4.5米，顶部全部塌陷，铺地砖全部被揭起，四壁残余部分最高1.38米。考古人员在发掘现场，没有发现棺椁痕迹，在室内也无文物出土。专家推断，棺椁里应该存放的是上官婉儿的遗体，也就意味遗体也不见了。
有专家认为，这有可能是上官婉儿的家族之后犯了什么大错，最后被掘了祖坟，连上官婉儿也没有放过。他举例说，唐初名将徐茂公李积为凌烟阁二十四功臣之一，被封为英国公，早年从李世民平定四方，后来成为唐王朝开疆拓土的主要战将之一，但后来，其孙子徐敬业“造反”，武则天一气之下，夺去李姓，免除爵位，把李积从坟里挖出来，并烧掉尸体。
上官婉儿墓壁龛出土的墓志，在墓志盖上写有“大唐故昭容上官氏铭”
另一种可能是，在唐末之后的五代时期，曾出现过一个给唐王陵带来灾难的人物———五代节度使温韬，他趁乱几乎掘开了关中地区所有唐朝皇陵，当时在盗乾陵时风雨大作而没有得逞。在当时，是否还有其他重量级别的古墓被盗，目前也不可而知。
