调查者还发现，在印第安人中，只有古阿兹特克人有雕刻头骨的习惯，而古代玛雅人并没有这样的习惯，这就更使得笼罩在这颗头骨上的神秘光环显得越来越虚假了……
而且这块水晶头骨的拥有者安娜的陈述也露出了很多破绽。她在1962年接受采访时说，水晶头骨是在三十年代末，由她的父亲在一次挖掘玛雅遗址的时候发现的；1968年，她给一个研究水晶头骨的专家写信时又说头骨是在1926年发现的；1982年，她回答学者尼克尔的询问时称，发现头骨的日期是1924年；最后在1995年出版的《水晶头骨之谜》里，又说水晶头骨是在自己17岁生日那一天发现的。前后的矛盾更加深了人们对它真实来历的怀疑。
（上图）水晶头骨
水晶头骨表面的详细分析显示，在眼眶、牙齿和头盖骨附近有极细微旋转划痕，很明显这种切割打磨技术源自一种叫做“旋转轮”的珠宝加工设备，而古玛雅人并未掌握这种加工技术，这种工具在前哥伦布时代的美洲大陆上根本就不存在。
有人还指出，现在被发现的水晶头骨大多是纯度很高的天然水晶，其自身就十分珍贵，人们没有必要把它做成一个赝品。
（上图）水晶头骨大多是纯度很高的天然水晶
甚至还有极端者指出，不列颠博物馆的鉴定只是一个陷阱，他们想借虚假的鉴定来将所有头骨聚集起来，好获得头骨中的信息。迄今为止，除了不列颠博物馆中存在的那三个水晶头骨外，其他流落在外面的水晶头骨都未曾作过类似的鉴定，我们也无法分辨谁真谁假。当然，对于水晶头骨的传言也在努力地研究之中。
