既然此处风水不好，朱元璋为何不另寻吉壤安葬祖宗呢?
其实朱元璋何尝不想呢，但是这是他祖父的实际葬地所在，如果要移墓，势必会泄了王气，影响大明江山社稷。所以只能在此修建了祖陵。为了解决风水欠佳的问题，在当年筑陵时进行了大规模的地理改造，填埋洼地，补修不足，挖地成河，堆土为山，人工整出了砂、水、近案、明堂等风水要素必具的景观，这才形成了一块标准的风水宝地。都成了风水宝地了，何以明祖陵会被没在湖底长达300余年? 是先天风水不足，没能保佑明祖陵免去天地的沉沦?
明祖陵地宫所在地
是偶然的自然灾难，还是人为的必然导致了这滔滔洪水? 有人认为，明祖陵的被淹，天灾其实只有三分，还有七分就是人祸。这究竟是怎么回事呢?
话说明弘治七年(公元1494年)，刘大夏筑太行堤阻断黄河北支，使南支夺淮入海后，河道开始紊乱，淮河中、下游连年洪水泛滥，祖陵不断遭受水患。明万历年间总理河道的工部尚书潘季驯提出了“蓄淮刷黄”，的治水方略。他主张筑堤纳水归于一道，反对疏浚支流另开新河，而应当“筑堤束水，以水攻沙”、“借水攻沙，以水治水”。
明祖陵
他认为“水分则势缓，势缓则沙停，沙停则河饱，尺寸之水皆由沙面，止见其高。水合则势猛，势猛则沙刷，沙刷则河深，寻丈之水皆由河底，止见其卑。筑堤束水，以水攻沙，水不奔溢于两旁，则必直刷乎河底。一定之理，必然之势。此合之所以愈以分也”。多好的理论，省钱省力，省人省心，大有不战而屈人之兵的味道，因而廷争面折中很能打动人心，并且最终取得了明神宗的支持。
可惜人算不如天算，任你怎么集淮水之力也不敌黄水，汹涌澎湃的黄河仅凭一点淮水之力就被挡回去，那还能叫什么奔流到海不复回?很快的清河口泥沙高淤，靠近这里的淮河河床也被黄水倒灌而增高了，这又使淮水的冲击力减弱，遇阻即回，沙随波停，淮水所带泥沙又在清河口停淤。淮水无力刷黄，又无法从清河口入海，而入湖故道又尽筑高堰，淮水不得不上溢泛滥，“不得不久潴旁溢，汪汇浩荡，始犹淹漫两岸，会合诸湖，继而夏秋泛涨，一望无际，浩荡龙沙，震惊陵寝，而泗洲之祸岁烈一岁矣。”。
