在这种情况下，西厂仅仅成立5个月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大学士商辂为首的辅臣集体上书，向宪宗痛陈西厂之危害，并将汪直办下的不法之事一一举报。宪宗收到奏章后为之震惊，于是撤销西厂，遣散了西厂的人员。但没有西厂的日子总让宪宗觉得没有安全感，奸臣戴缙在得知皇帝的心思后，主动上书，大肆吹捧汪直。宪宗大喜，立刻恢复西厂，废与举之间，只相隔一个月。汪直复出后，更加严酷地办案，戴缙也得以升职。
在此后的5年里，汪直领导西厂又办下了无数“大案”，将反对自己的朝臣如商辂、项忠等一一剪除，他的权势也达到了极点。后来，汪直极度膨胀的权力引起皇帝的警觉，汪直最终被调出京城，西厂也随之解散。
明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开，由太监谷大用领导。这时西厂和东厂都受刘瑾的指挥，但两者之间不是互相合作，而是争权夺利，互相拆台。为了改变这种情况，刘瑾又自建了一个内行厂，由本人直接统领，其职能与东西厂一样，但侦缉范围更大，甚至包括东西厂和锦衣卫。一时间，锦衣卫、东西厂、内行厂四大特务机构并存，缇骑四处，天下骚动。直到刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂和内行厂。
东厂
厂卫特务制度是皇帝个人为了维护自己的统治实行的个人政治措施，它最大的功效就是你无法知道自己是否正在被特务监视，从而产生一种自己随时处在监视之中的感觉。任何一点不够“老实”的动作，都可能造成无法预估的可怕后果，从而不敢有任何轻举妄动，只能乖乖地做个顺民。但特务们权力倾轧，残害忠良，最终倒霉的，还是整个国家!
