燕王起兵之后，建文帝马上慌了手脚，急忙征调各地方的军队入京勤王。但是，由于建文削藩以来，地方诸侯已被他得罪殆尽，所以，地方诸侯纷纷投向燕王帐下，背叛建文。建文帝手下的文人不少，但没有多少可以带兵打仗的将帅之才。心腹齐泰、方孝孺等人也都是文人腐儒，虽满腹经纶，但也没有什么用处。就这样，燕王的军队没费多大的力气， 很快就打到了南京城。
建文帝见大势已去，下令火烧皇宫。燕王朱棣攻入皇宫之后，没有找到建文帝，便命人仔细搜查寻找建文，宫里的太监说说建文帝在万般无奈之下，跳入火中自焚了，并从火堆里找出一具尸体指认说是建文帝。朱棣假惺惺的痛哭一番，说自己只是要清理奸臣，并不是要皇上死。
