嘉庆赐死和珅之后，将他的家财全部收归国库，但是，如此得来的钱财根本不可能弥补制度上的漏洞，大清王朝在官僚制度上的弊端日渐严重，官员们的贪污腐败并不是嘉庆这样一位过于软弱的君主可以理清的。此时的清王朝就像一个积疾以久的病人一样，开始总的爆发。
官场上，官员公开卖官敛财，对百姓敲骨吸髓。老百姓不堪压迫，纷纷揭竿而起，各地相继爆发白莲教、天理教等大规模的农民起义。嘉庆帝也因此险些两次被刺。一次是在嘉庆八年（1803年）二月二十日，嘉庆皇帝从圆明园返回宫内的路上，突然冲出一名男子行刺，把嘉庆的随从下了一跳，后来费了一番周折才把刺客制服。后来得知这名刺客叫成得，是京师中的一名厨役。嘉庆皇帝命诸王大臣和六部九卿会审成得，但他默无一言，只说："若事成，则公等所坐之处，即我坐处也。"嘉庆皇帝为人宽仁，不想因此而诘兴大狱，就下令将凌迟处死。其他人就不在追究了。
嘉庆通宝
另外一次是在嘉庆十八年（1813年）九月，嘉庆皇帝到木兰围场狩猎。京郊林清领导的一支天理教农民起义军，决定乘清朝的王公大臣，大内侍卫都出宫护卫的机会。乘机攻占皇宫，推翻清王朝。这天起义军在林清的领导之下，花装成小商小贩，把武器藏在山品里面，骗过守门的侍卫，混进了京城。然后，林清又派人合皇宫内的内线取得联系。弄清宫里的虚实之后，便于15日中午发动了进攻。
