雍正对年羹尧的惩处是分步逐渐进行的：
第一步是在雍正二年十一月年羹尧陛见离京前后，此时雍正已作出决定，要打击年羹尧。年羹尧离京后接到的那份朱谕就是对他的暗示。
第二步是给有关官员打招呼。一是雍正的亲信，要求他们要与年羹尧划清界限，揭发年羹尧的劣迹，以争取保全自身;二是年羹尧不喜欢的人，使他们知道皇帝要整治年羹尧了，让他们站稳立场;三是与年羹尧关系一般的人，让他们提高警惕，疏远和摆脱年羹尧，不要站错了队。这就为公开处治年羹尧做好了准备。
（上图）影视作品中的年羹尧
第三步把矛头直接指向年羹尧，将其调离西安老巢。到了雍正三年(1725年)正月，雍正对年羹尧的不满开始公开化。年羹尧指使陕西巡抚胡期恒参奏陕西驿道金南瑛一事，雍正说这是年羹尧任用私人、乱结朋党的做法，不予准奏。
年羹尧曾经参劾四川巡抚蔡珽威逼所属知府蒋兴仁致死，蔡珽因此被罢官，经审讯后定为斩监候;而年羹尧的私人王景灏得以出任四川巡抚。
（上图）年羹尧“贪暴”
这时雍正已经暗下决心要打击年羹尧，蔡珽被押到北京后，雍正不同意刑部把他监禁起来，反而特地召见他。蔡珽陈述了自己在任时因对抗年羹尧而遭诬陷的情况，又上奏了年羹尧“贪暴”的种种情形。
雍正于是传谕说：“蔡珽是年羹尧参奏的，若把他绳之以法，人们一定会认为是朕听了年羹尧的话才杀他的。这样就让年羹尧把持了朝廷威福之柄。”因此，雍正不仅没有给蔡珽治罪，而且升任他做了左都御史，成为对付年羹尧的得力工具。
雍正三年(1725年)三月，出现了“日月合璧，五星联珠”的所谓“祥瑞”，群臣称贺，年羹尧也上贺表称颂雍正夙兴夜寐，励精图治。但表中字迹潦草，又一时疏忽把“朝乾夕惕”误写为“夕惕朝乾”。
