当时太监李莲英看见光绪的遗体放在殿中无人看管，心有不忍，便对身边的小太监说：“我们先把皇上弄弄好吧?”最后在李莲英的指挥下，光绪的遗体这才被草草料理好放进梓宫。
就在隆裕皇后为光绪遗体穿衣时，慈禧太后也撒手人寰，死在了中南海仪鸾殿内，终年74岁。慈禧的死亡时间在光绪死去的第二天下午，两者相差不到一天。
晚清御史、光绪的近臣恽毓鼎的《崇陵传信录》及徐珂所编著的《清稗类钞》等书认为，慈禧在病危期间，惟恐自己死后，光绪重新执政，推翻她既定朝政及平反她一手制造的种种冤案，于是令人下毒手将光绪害死。
英国人濮兰德·白克好司的《慈禧外传》和德龄的《瀛台泣血记》等书认为，清宫大太监李连英等人，平日依仗着主子慈禧的权势，经常中伤和愚弄光绪。他们深恐慈禧死后光绪重新主政，会清算他们往日的罪孽，所以就先下手为强，在慈禧将死之前，先把光绪谋毙。
