但文武兼备的秦琼很快就发现王世充为人诡诈，做事喜欢装神弄鬼，绝非拨乱之主，于是决定和程咬金一起投靠长安的李氏政权。离开王世充的时候，秦琼并不是偷偷溜走，而是明明白白的告辞，王世充慑于秦琼的威名竟不敢威逼强留。这样秦琼投靠李唐，最终成为了李世民手下的右三统军。在李世民的手下，秦琼同样立下了赫赫战功，著名的尉迟敬德就是被秦琼击败并最终投靠李世民的。
史书上说：秦琼随李世民，讨伐王世充、窦建德、刘黑闼，每战身先鏖战，前无坚对。每当对手阵营中有骁将锐士震烁出入以夸众者，秦王则名叔宝往取之，跃马挺枪刺于万众中，莫不如志。
在太子李建成和齐王李元吉心目中，秦琼是夺取帝位的最大威胁之一。李建成曾想方设法的要把秦叔宝调离秦王府，李元吉更明白地说，一旦能杀了李世民，第一个要杀的就是秦琼。就是这样一个文武双全，勇冠三军，令人敬畏的人物，为什么在对于李世民最重要的一场战争中，史书中却没有记录他任何勇武过人的事迹。
在史书中我们找不到秦叔宝，积极帮助李世民谋划玄武门之变的只言片语，在《新唐书》中，他和玄武门之变唯一的一段有关记载只有一句话，是说玄武门之变后，秦叔宝被赏赐了封邑七百户。是因为他参与玄武门之战，表现突出的奖赏吗？
