但睿宗被控制在长安城的权力中心之外，不得参与政事。不过，武则天仍然觉得不妥，又派人逼死了废太子李贤，为自己登基称帝扫除了一切可能的障碍。
李唐宗室知道武则天有除尽李氏宗族之心，人人自危，不断有人揭竿而起。不过武则天临危不乱，她先是不失时机地斩除了裴炎、程务挺等人，又调兵遣将，不到两个月就彻底平息了扬州所发生的徐敬业叛乱。
武则天的所作所为起到了杀鸡儆猴的作用，她严厉地训诫众臣：“如今你们倔强能倔强得过裴炎吗?亡命有人亡命得过徐敬业吗?善战有人善战得过程务挺吗?这三个人可谓能力出众，威望过人，可到头来还不是被我诛杀。所以奉劝各位不要随便以身试法，贻笑大方。”果然，从此以后，朝中不再有人敢随意造次。
公元688年，武则天的侄子武承嗣暗中派人将一块凿有“圣母临人，永称帝业”字样的白石献给武则天，并谎称这块石头是在洛水偶然得到的。武则天十分高兴，选定吉日礼谢上天之后便正式加尊号为“圣母神皇”。满朝文武也从这个时候开始改称武则天为“陛下”。
李唐宗室所残存的势力十分清楚他们将要面临的灭顶之灾，韩王李元嘉、琅邪王李冲、越王李员先后起兵。然而，得益于武则天多年来的文治武功，这一时期唐王朝武力强盛，人心安稳，大部分人都不愿意为一家一姓的改弦易辙而疲于奔命。武则天的兵马一到，李氏诸王的军队不是投降就是逃跑，没有丝毫的战斗力。在很短的时间之内，武则天便将李氏诸王的叛乱镇压下去。
平叛成功之后，武则天收紧手腕，决心彻底清除异己。她设置告密箱鼓励告密，如果告密有功就可以破格升官，如果告密失实也不追究责任。
如此一来，从各方涌来的告密者甚众，再加上别出心裁的酷刑和冷血无情的酷吏，武则天掀起了一场恐怖的大清洗运动。无数大臣屈死在这场运动中，李唐宗室被杀者更是多达数百人。
