反对论学者认为伊利雅胡·瑞普斯所研究的圣经原文已经跟古抄本有一定的差别，包括句点和字距等都不一样，瑞普斯用计算机算出的所谓“圣经密码”，只不过是一种断章取义的“撞大运”罢了。
整本圣经希伯莱文有30多万个字母，起码可以发生100亿种字母组合，若按自己的意思随便断字，相信还会找到更多五花八门的东西，如果有朝一日“圣经密码”研究者从圣经中找到诸如戴安娜去世、Windows2000问世的预言，他们也一点不会感到惊讶。
人们对圣经密码的科学性提出了质疑
随着牛顿这份预言“世界末日”时间的手稿在耶路撒冷博物馆再见天日，一些专家认为，如果圣经中根本不存在什么密码，那么牛顿尽毕生之力研究出的这个“末日数字”，也只不过是个耸人听闻的“伟大错误”罢了。
