一是外敌入侵和战争造成的。公元16世纪，大批西班牙人手持武器踏上南美古老的墨西哥、秘鲁、危地马拉的国土，玛雅文化遭到空前的浩劫，大迁移后幸存的少数玛雅人在经历了这场灾难后也突然全部神秘失踪了。那么，此前他们为什么从繁华的居住地迁出呢？还是没有人能说清。
二是气候骤变造成的。然而，气象专家几经努力，仍然拿不出公元8世纪一公元9世纪间，南美大陆有过灾难性气候骤变的证据。
三是瘟疫流行造成的。但也有专家提出质疑，认为在玛雅人居住的上万平方千米的版图内，大规模地流行一场瘟疫的可能性是很小的。
玛雅文化为何突然停止发展并消失？
四是生态方面，有人认为是雨林的疯狂扩张，使得玛雅人失去了合适的生存条件，被迫放弃了自己的故土家园。这似乎与当时的地理环境也不相符，当时尚属地广人稀，怎么会好好的日子不过，甘愿去荒山过原始生活呢？
有关玛雅文明消亡的假设层出不穷，却没有一种假设能有充足的证据让人心服口服。
玛雅之谜
甚至有人说，有关古玛雅人的上述消失之谜都是现代人类猜测的，因为只是猜测，所以没有证据。有人干脆断定，古玛雅人的消失是太空移民，而部分人放弃城市回归原始，是改造新原生态星球的需要，或者是因长途旅行非常艰苦而留下的人群。由于太空移民的距离遥远，对人员数目和素质也有要求，所以不得不留下一少部分人。
认为玛雅人就是外星人的证据是：玛雅人的生活环境明显不同于其他文明，他们没有居住在拥有肥沃河川的地方；文明时代的玛雅人拒绝和当时尚原始的地球人接触，虽然建造了颇具文化水准的都市，但仍采取封闭政策；
玛雅人的科技水平明显高于其他文明，为了建造石造都市群，他们使用了当时人类还未掌握的种种工艺技术；玛雅人的信仰历法都与其他文明不一致等。而这些，都是考古史上的谜团。
