消息传开，前来朝拜的信徒络绎不绝。到了明朝，兴建大报恩寺，又在后山土堆上修了座三藏墓塔。可是到清朝末年，寺和塔一起被毁。那时，满清政府风雨飘摇，内忧外患弄得民不聊生，佛门清净之地也常遭兵火，人们好像不再热心过问唐僧的遗骨了。供奉玄奘顶骨的大报恩寺在清末毁于战火后，玄奘顶骨便一直不知所踪。
日军挖掘出玄奘遗骨的一种版本1937年12月，南京被日寇占领。1942年2月23日，当时笃信佛教的日军队长高森隆介在南京中华门外雨花台旁建神社时，无意中挖掘到地宫，并从中找到一只锦盒，里面密藏着唐僧顶骨。
（上图）玄奘顶骨下落成谜
消息在《申报》上公布：“日本高森部队于南京中华门外建筑稻垣神社时，发现报恩寺旧址内埋有玄奘法师遗骨及佛像铜匣等，并有宋天圣五年和明洪武十九年两部葬志。”在挖掘地发现的石函内，有众多佛像、佛器及珠宝，石函两侧刻有记载唐僧顶骨迁移的渊源文字，与文献所记载一模一样。
（上图）玄奘顶骨下落成谜
石函一侧有铭文：“大唐三藏大遍觉法师玄奘顶骨，早因唐末战乱废塔，今长干演化大师可政于长安传得，于此葬之。天圣丁卯二月五日同缘弟子唐文遇、弟文德、文庆、弟子丁洪审、弟子刘文进、弟子张霭。”另一侧的铭文为：“玄奘法师顶骨塔，初在天禧寺之东岗，大明洪武十九年受菩萨戒弟子广福……普觉迁于寺之南岗三塔之上……”这些在《建康志》、《新金陵志》上都有记载。
人们这才确信，锦盒里保存的真的是唐僧顶骨。石函出土后，陪葬品被哄抢一空，日寇将唐僧顶骨打碎成多份掠至日本。南京市民读了《申报》，一时群情激愤，议论纷纷，要求汪精卫伪政府出面干预此事。唐僧顶骨重现于世，却又落入日本人手里，国内要求归还的呼声日益高涨。上世纪40年代初，经汪伪政府交涉，日方私自留下其中1份，剩下的归还中国。此时，日军在太平洋战争中屡屡失利，已开始走下坡路。汪精卫正为自己的前途而惴惴不安，想利用此事来笼络佛教徒，就派白隆平和日军交涉。谈来说去，日本人勉强答应把头骨分为两半，一半掌握在日本人手里，另一半交给汪伪政府。
