这些人被集中到哈尔滨市内某些特定场所，如位于火车站附近的哈尔滨特务机关、宪兵队分部、宪兵队总部，以及那幢用石头围墙围起来的漂亮西式建筑物的地下室，即日本领事馆的地下室，由运送“丸太”的特殊车辆定期到上述场所接“货”。被看作是防疫实验材料的“丸太”则以1根、2根来计数，戴上手铐,腰上再拴两道绳索，5人或10人排成一串，被强行拉走。驾驶员说了句“领到丸太10根”，就把人强行带到平房，关进特设牢房内。特设牢房由3、4、5、6号楼四面围住，从外面根本看不到里面。入口处有一扇沉重的铁门紧锁着，人员不得自由出入。
据731部队军医少将川岛清说，每年被押进731部队本部监狱用作实验材料的有400至600人，每年因受实验而死去的至少有600人，最保守估算，6年(1939年至1945年)内至少有3000人丧生。731部队还有一条铁的纪律，就是“不许看、不许听、不许说”，所以该部队所做的伤天害理的事很少被揭露出来，就是在战后日本也是如此。战时，日军在我国布下了庞大的细菌战体制，人们统称为“石井机关”，从事所谓的防疫给水业务。石井机关由18个“师团防疫给水部”组成，加上派往北京、广东和新加坡的防疫给水部及其分部，以及该部队系统的总部——东京“防疫研究室”等，在各条战线前方从事细菌战。
