从此，“北京人”头盖骨的失踪成为人类科学史上一大悬案。而半个世纪以来，日本官方始终不承认获得和收藏“北京人”。
针对“阿波丸”上载有“北京人”头盖骨之说，有人提出疑问：日本人为什么要用几年时间，花费周折将化石从中国北方运到东南亚?
跟踪研究“阿波丸”的记者李树喜找到了证据：在“阿波丸”初步打捞中，发现了伪“满洲国”政要郑禹(奉天市长，伪满元老郑孝胥之子)的家藏小官印(玉印)及郑孝胥安葬时分赠后人的圆砚，砚上有“郑公孝胥安葬纪念”字样(注，郑孝胥1938年死于长春，葬于沈阳)。而历史记载“阿波丸”乘员全部是日本人。这说明日本人将在中国北方搜罗的文物宝器运上了“阿波丸”，这是“阿波丸”可能装截“北京人”头盖骨的有力旁证。
部分传言被中国打捞者证实。1977年1月13日，国务院和中央军委决定，由福州军区统一指挥，交通部和海军一起组织力量，对“阿波丸”沉船进行打捞，工程代号“7713”。张智魁正是当时打捞工程的现场指挥。
5月1日，发现“阿波丸”，沉船已断成两段，前段长44.7米，后段长107.8米，埋入海底泥中9至11米，该处水深在60至69米不等。随后打捞以“清除牛山渔场水下障碍物，保障海上渔业捕捞作业生产安全”的名义正式开工。1980年，海军“J503”号舰的指战员完成了拆解沉船首段的任务，穿引了船底4道共14根千斤钢缆，上海救捞局的“大力号”海上自航浮吊船将首段一举吊浮，并拖抵平潭岛娘宫锚地搁上浅滩。此次打捞共捞获锡锭2472吨，售价5000余万美元，还有橡胶等货物数千吨。
然而，人们没有找到黄金，也没有发现“北京人”化石的踪影。有人产生疑问：也许种种传言只是日本为了打捞2008具骸骨而故布迷阵?
