中国政府本着中日友好和人道主义精神，先后于1979年7月、1980年1月和1981年4月，在上海以中国红十字会和中国上海海难救助打捞公司的名义，分三批向日本方面移交了捞起的死难者遗骨和遗物。
打捞“阿波丸”的现实意义
2001年，有关40吨黄金与“北京人”头盖骨是否藏身于“阿波丸”的争论仍无结果，一直为“阿波丸”牵肠挂肚的张智魁上书国家领导人，力主再次打捞“阿波丸”。4月，他拿出了一份详实的《打捞“阿波丸”沉船可行性报告》。
《报告》说，70年代进行的打捞虽然没有发现黄金，但至少证明了各方汇总的有关“阿波丸”沉船物资情报的准确性。关于“阿波丸”中有无40吨黄金与“北京人”头盖骨的争议，是因为那次打捞的不完整。由于当时深潜技术和深水除泥两大技术没有过关，约1万立方米的淤泥掩埋着金库、驾驶台、客房及船员舱室和机舱，潜水员根本无法到达那些位置。中止打捞后，国务院和交通部多次派人到上海举行座谈会，听取对立双方的意见，最后，针对“阿波丸”上装载金银财宝做出“有大于无”的结论。在“北京人”头盖骨也在“阿波丸”上的重要线索出现后，中国科学院院士贾兰坡，中国历史博物馆馆长余伟超教授等许多专家、院士也呼吁彻底打捞清理“阿波丸”。
探谜、捞宝自然是打捞“阿波丸”的主要目的，而当时触动张智魁上书的，是2000年俄罗斯核潜艇“库尔斯克”号海难。由于缺少深海打捞技术，事件发生后俄罗斯一度十分被动。
张智魁说：“阿波丸”在水下70米，通过对其大规模打捞，可以大大提高我国深海打捞技术，可以锻炼出一支深海打捞队伍。从长远看，这比珍宝、黄金更重要、更可贵。
张智魁所言非虚。70年代对“阿波丸”打捞后，有关部门曾总结：由于该工程的进行，使我国的深潜水医学研究获得极佳的实践机遇并取得重大成果。我国救捞队伍的技术素质得到了极大提高。工程中采用了水下爆破、水下电割等新工艺、新施工方法，通过该工程获得的施工技术经验成为我国打捞事业的一笔宝贵财富。同时，这次打捞也使中国的潜水装备工业有了产品质量检验、改进提高的极难得的实践机遇，不但使原有产品的质量有了新的提高，还诞生了一批新的深潜水装备装具。
