锦衣卫另一项著名的职能就是“执掌廷杖”。廷杖制度始自明朝，是皇帝用来教训不听话的士大夫的一项酷刑。一旦哪位倒霉官员触怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反绑双手，押至行刑地点午门。在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右早已严阵以待。受刑者裹在一个大布里，随着一声“打”字，棍棒就如雨点般落在他的大腿和屁股上。行刑者为锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够准确根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示地掌握受刑人的生死。如果这两人两脚象八字形张开，表示可留杖下人一条活命;反之，如果脚尖向内靠拢，则杖下人就只有死路一条了。杖完之后，还要提起裹着受刑人布的四角，抬起后再重重摔下，此时布中人就算不死，也去了半条命。廷杖之刑对士大夫的肉体和心灵都是极大的损害，但明朝的皇帝却乐此不疲，锦衣卫将校对它也是情有独钟。
纵观有明一朝的锦衣卫，尽管也出过袁彬、牟斌这样比较正直的指挥使，但总的来说，其职能主要还是为明朝的极端专制制度充当帮凶。有了锦衣卫这样高效率的工具，明朝的皇帝压制起士大夫阶层、下层民众就显得更加得心应手，但为此付出的代价却是社会活力的极大降低，这也是为什么明朝虽有200多年历史，但在政治制度、经济制度上却无所进展甚至还有所倒退的主要原因。
二、东厂
东厂的发明者是明成祖朱棣。在发动“靖难之役”夺取了侄子的皇位后，朱棣的精神一直处在高度紧张中，一方面，建文帝未死的流言不是出现，另一方面，朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。为了巩固政权，朱棣迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构。在朱棣起兵的过程中，一些宦官和和尚出过很大力(如著名的郑和、道衍)，所以在他心目中，还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。
就这样，在明成祖迁都北京之后，建立了一个由宦官掌领的侦缉机构，由于其地址位于东安门北侧(今王府井大街北部东厂胡同)，因此被命名为东厂。东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”，起初，东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理，但到了明末，东厂也有了自己的监狱。东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。除此以外，东厂中设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干，具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，也称档头，番役就是我们俗称的番子。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审;朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动;一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看;甚至连普通百姓的日常生活，柴米油盐的价格，也在东厂的侦察范围之内。东厂获得的情报，可以直接向皇帝报告，相比锦衣卫必须采用奏章的形式进行汇报，要方便的多。东厂府衙的布置比较搞笑，大厅旁边的小厅，供着岳飞的雕像，厅右的影壁上，刻着胰式芏案的故事。历届东厂厂主的牌位，供奉在大厅西侧的祠堂里，堂前还有一座“百世流芳”的牌坊。
可惜东厂人员的所作所为与他们这些偶像实在相差太远，东厂番子每天在京城大街小巷里面活动，并非完全为朝廷办事，更多的是为自己谋私利。他们常常罗织罪名，诬赖良民，之后就屈打成招，趁机敲诈勒索。到了明中后期，东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国，连远州僻壤，也出现了“鲜衣怒马作京师语者”，搞的举国上下人人自危，民不聊生。在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
三、西厂与内行厂
西厂在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但宪宗由此深感侦刺力量的不足。于是他身边机灵的小太监汪直被选中，派往宫外打探消息。汪直抓住了这个机会，到处捕风捉影，搜罗了不少所谓的“秘密消息”报告给了宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，对汪直的表现也十分满意，要他继续做下去。
几个月后，宪宗成立了一个新的内廷机构——西厂，首领便是汪直。西厂厂址设在灵济宫前，以旧灰厂为厂署总部。西厂的军官主要从禁卫军中选拔，这些人再自行选置部下，短短几个月内，西厂人员极度扩充，其势力甚至超过了老前辈东厂。
西厂成立，本来只是为了替皇帝刺探消息，但汪直为了升官发财，拼命的构置大案、要案，其办案数量之多、速度之快、牵扯人员之众都远远超过了东厂和锦衣卫。西厂在全国布下侦缉网，主要打击对象是京内外官员，一旦怀疑某人，就立刻加以逮捕，事先不必经由皇帝同意，之后当然就是严刑逼供，争取把案件弄得越大越好。对一般百姓，其一言一行只要稍有不甚，就会被西厂以妖言罪从重处置。
在这种情况下，西厂仅仅成立5个月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大学士商辂(就是那个连中三元的人才)为首的辅臣集体上书，向宪宗痛陈西厂之危害，并将汪直办下的不法之事一一举报。宪宗收到奏章后为之震惊，于是撤销西厂，遣散了西厂的人员。
