由于鼠疫的传染死亡率很高，崇祯的御林军短时间内失去战斗力毫不奇怪。李自成因此未遇大战就占领了北京。
李自成大军进京后感染了鼠疫，自然战斗力也大减，当然打不过清兵——尽管其数量远低于自己。并且败兵因此成了鼠疫传染源——文献记载“贼过处皆大疫”。
因此李自成虽然此时财雄天下，可以大规模招兵买马，但新兵入伍即染鼠疫失去战斗力，兵力再多也没用，始终无法抵挡清朝的虎狼之师。
（上图） 李自成百万之师
鼠疫蔓延军营，且长时间无法摆脱，李自成的精神遭受毁灭性打击，因此痛失江山并一蹶不振，“无可奈何花落去”。
由于军人是集体生活，所以鼠疫流行对古代军人的打击是毁灭性的。李自成的百万大军在十分肆虐的鼠疫面前，几乎是束手无策，只能坐以待毙。
（上图）李自成之墓
那么，为什么清兵就没患鼠疫呢？欧洲人在研究14世纪欧洲鼠疫时从留下的壁画及文字中发现，在鼠疫大流行中只有骑兵幸免于鼠疫。
于是得出结论：鼠疫经跳蚤传播，跳蚤讨厌马味，所以骑兵不被鼠疫传染！众所周知，八旗铁骑威震四方，清兵主要由骑兵组成，所以是不会传染上鼠
