所以李莲英的墓志铭上写道：结束西逃回到北京后，李莲英“自思可告之无罪，已萌退志”。光绪三十四年十月二十二日，慈禧死后，李莲英办理完慈禧的丧事，便悄然消失了。对于他的下落至今仍然是一个谜。
有人说他在慈禧太后死后，便向隆裕太后请求告老，回到慈禧生前赐给他的南花园过起了低调的生活。他没有大兴土木，也没有过于招摇。
只是悄悄地过继了几个侄子为自己的儿子，自己则整天像个花匠似的侍弄花草。直到三年后得痢疾而死。其间，甚至没有人知道他就是曾经在慈禧太后面前呼风唤雨的大太监李莲英。
传说李莲英之墓
也有人说，李莲英是被隆裕太后处死的，他死后隆裕太后还把他的巨额财产充了公。不过，朝廷杀李莲英应该是一件轰动一时的大事，不会没有文字的记载。
还有人说李莲英死于仇敌。尽管李莲英圆滑机警，却仍有大量仇家。“权倾朝野”之人，肯定是踩着别人的尸体向上爬的。仇家可能是革命党人，也可是宫中同道，亦可能是袁世凯授意之人。
