为预防此病传播，清朝特别按“已出痘”、“未出痘”的标准划线，规定边疆少数民族首领朝觐的方式、地点和时间，并规定居京出痘者全家迁出郊外等。但防不胜防，仍有大量的人染此病丧生。清入关后第一个皇帝——顺治即因患天花而亡，死时年仅二十四岁。
脉案呈上，懿旨即传，命宫内外照旧例供奉痘神、张灯结彩、花衣悬红，民间百姓禁炒豆、禁当街泼水……同时，经过几天酝酿，两宫再次垂帘。
（上图）同治对后妃本无所偏心，慈禧却延续选妃时的矛盾
同治悲凉失落至极——亲生母亲总以权力为重，并不顾自己的儿子患了要命的病症。尽管如此，同治的病症却逐渐平稳见好。痘症最忌痘发不透，痘毒内陷，同治则满头满身的痘都饱满成熟、出了脓头，这标志着痘症最险的关口已经闯过，如不出现大面积感染，就只等结痂痊愈了。
然而不料，十一月十九日后同治病情突然转危，“湿毒承虚流聚，腰间红肿溃破，漫流脓水”，“头顶、胳膊、膝上发出痘痈肿痛”，六天后，腰部溃孔与臀部脓疮连到一起，溢出的脓每天多达一茶碗。十二月初五，同治病故。
（上图） 同治悲凉失落至极——亲生母亲总以权力为重
各种传闻立刻不胫而走，最多的是：同治并非死于痘症，实是死于梅毒。《清朝野史大观》说，皇后阿鲁特氏端庄贞静，美而有德，同治深爱之。但“格于慈禧之威，不能相款洽”，慈禧又“强其爱所不爱之妃”，同治于家庭无乐趣，乃出而纵淫。
因害怕臣工撞见，不敢至外城著名妓寮，专觅内城下等私娼取乐，久之毒发。传太医院看视，太医院不敢言，反请示慈禧是什么病。慈禧传旨说，恐怕是天花。于是太医院按天花治，无效，同治躁怒，骂道：我没患天花，为何以天花治!太医院说，这是太后的命令。同治“乃不言，恨恨而已”。
