死前数日，“下部溃烂，臭不可闻”，“洞见腰肾而死”。时太医院御医李德立的后人说，他家相传，同治皇帝患的是梅毒，但慈禧太后只准按痘症治。其大曾祖李德立冒险向慈禧说，不能这样治，皇上的病不是痘症。慈禧大怒，将头上钿子掷下，大曾祖即摘帽磕头到地。
另有一种说法，是说同治病重时与其师傅李鸿藻及皇后阿鲁特氏相商，口授了立嗣及防范慈禧专权的遗诏，李鸿藻慑于慈禧之威，出卖了同治，将遗诏笔录交给了慈禧，慈禧大怒，立碎之，掷于地，命尽断同治医药饮食，任何人不许入同治寝宫一步。不多时，同治死讯传于外。等等。
（上图）同治皇帝患的是梅毒，但慈禧太后只准按痘症治
从留下的脉案和宫中应对天花的措施(如供痘疹娘娘等)看，同治确实患了天花。而同治微服冶游，也是不争的史实——醇亲王所掌神机营精确指明了皇上私出的时间地点，这就使其感染梅毒之说具有可能性。从同治病势原已好转又转危殆以及临终前的病状看，最大的可能应该是痘症、梅毒两症并发所致。
慈禧有无为了保皇家和自己的颜面，故意讳疾忌医，不惜牺牲儿子生命，或竟促其早赴黄泉呢?目前没有这方面的证据。
（上图）慈禧深爱自己的儿子同治，到了“崇拜”的地步
慈禧御前女官德龄认为，说同治为慈禧所害，那是绝对不可能的，慈禧深爱自己的儿子同治，到了“崇拜”的地步。然德龄看到的是晚年的慈禧，又安知这不是伴随慈禧一生对唯一儿子的深深愧疚而产生的忏悔呢?
不管怎样，同治只活了短短的十九岁。他的一生是一个悲剧。
