由此，雍正开始正式修理年羹尧。 首先，雍正将四川和陕西的官员一一撤换，并对那些人分化瓦解，让他们和年羹尧划清界限。随后，雍正撤了年羹尧川陕总督的职，并命他交出抚远大将军印，调他去做杭州将军。年羹尧毫无还手之力，还得具折谢恩。雍正在他的折上批道：“朕听说有个谣言叫‘帝出三江口，嘉湖作战场’。朕倒要让你去那里做做官！朕想你要是自称帝号，那也是天数，朕也没办法。要是你自己不肯做，那有你统朕数千兵在此，你断不容三江口有人和朕争帝位吧？看你回的两个折子，朕实在是心寒至极。看来你还是不知感悔。上苍在上，朕若负你，天诛地灭，你若负朕，不知上苍如何发落你也！”
善于察言观色的朝中大臣们乘机对年羹尧落井下石-----他们早就对老年不满了！朝廷内外，大小官员，这下看清形势，一个个挺身而出，大力揭发年羹尧的罪状。当年六月，雍正又下令将年羹尧的杭州将军革去。十一月，年羹尧被械系至京。十二月，经过大臣们的群策群力，年羹尧被彻底打翻在地，朝廷议政大臣向雍正提交了审判结果，乖乖，最后老年被定了92款大罪，分别是：大逆罪5条，欺罔罪9条，僭越罪16条，狂悖罪13条，专擅罪6条，忌刻罪6条，残忍罪4条，贪婪罪18条，侵蚀罪15条。
随后，大臣们乘胜追击，请求对年羹尧明正典刑。雍正接报后假惺惺的说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念及年羹尧功勋卓著，杀了他怕天下人不服，自己还要背上杀戮功臣的恶名，这次姑且格外开恩，赐其在狱中自裁。
另外，年羹尧的嫡亲子孙送边地充军，家产全部抄没，就连族中的人也受连累，凡是做官的一律革职(处罚如此之重，估计和当时年妃已死有关)。 可怜年羹尧当时是何等地威风赫赫，叱咤风云，但在雍正的面前，不过是案上鱼肉，任其宰割，最后落得一个身败名裂、家破人亡的悲惨结局。
其实年羹尧除了做人比较失败外，对雍正是根本没有二心的。就是到了最后关头，他也还对雍正抱有很大幻想。据说年羹尧接到雍正命他自裁的谕令后，一直不肯动手，他向雍正上书哀求说：“臣今日一万分知道自己的罪了，求主子饶了臣，臣年不老，留下这一犬马，为主子慢慢效力”。他当时还在幻想雍正只是吓吓他，最后会饶他不死。但雍正接到年羹尧的上书后，冷笑一声，答复道：“尔自尽后，稍有含冤之意，则佛书所谓永堕地狱者，虽万劫不能消汝罪孽也。”年羹尧还没死呢，雍正倒先诅咒上他了。年羹尧只得苦笑道，好，算你狠，只好拿了根绳子自尽了。
