撤旗事件的次日，李鸿章立即电告“镇远”管带林泰曾：“琅威理昨电请示应升何旗，《章程》内未载，似可酌制四色长方旗，与海军提督有别。”尽管李鸿章希望息事宁人，但他明确坚持一个原则：丁汝昌是北洋舰队的唯一提督。6月25日，李鸿章会晤琅威理，明确肯定刘步蟾撤旗之举。琅威理愤慨之余，当场提出辞职。李鸿章随即照准。
在8月20日的一次会谈中，李鸿章明确指出“中国海军称琅为提督，乃客气用语”。两天后，他电告驻英公使薛福成：“琅威理要请放实缺提督未允，即自辞退。向不能受此要挟。”这是在涉及国家主权问题上，李鸿章罕有的一次强硬与断然。同时也说明，以琅威理为代表的外籍雇员，与清廷之间只有雇佣关系，并不能起到控制的作用。
聘用外籍军官，对于清廷是件难事，除了要克服来自官方的障碍，还要努力说服外籍军官本人。李鸿章坦言，一些外籍军官不愿应聘，其理由是“仅令教练而不假以节制擢陟(提拔)之权，弁兵必不听令，断难进益……兵官以下，毫不虚心求教”。琅威理脾气暴躁、态度傲慢、盛气凌人，连赫德都觉得他“缺少一个组织者需要具备的宽宏大量”。这令许多中国军官也心生厌烦。
琅威理则认为，北洋舰队中闽籍管带众多，以刘步蟾、林泰曾为代表，形成帮派，桀骜不驯。他曾上书李鸿章，提出“兵船管带，不应专用闽人”。这一建议引起极大反应。刘步蟾、林泰曾等留学英国多年，深通外交规则，只把琅威理当做客卿，并非上级领导，并不“买账”。有人认为刘步蟾撤旗是故意示威，也非空穴来风。
琅威理离去的影响
回到英国的琅威理，四处宣扬其在华受辱的经历，事态逐渐恶化。
1890年，《北华捷报》(上海出版的第一家外文报刊，创办于1850年)在关于琅威理辞职的3篇社论中称，外国军官除非不顾职责，愿同中国军官同流合污，否则就会受到猜忌、阴谋与排挤，现在琅威理已去，中国海军“混乱的狂欢”即将开始。
赫德曾说：“琅威理走后，中国人自己把海军搞得一团糟。琅威理在中国的时候，中国人也没有能好好利用他。”缺少了琅威理的严厉督导，北洋舰队的训练日益松弛，军纪每况愈下。演习流于形式，只打定靶，不打动靶;舰艇老旧，火炮落伍，机器生锈，无人问津;炮管满是油污，甚至用来晾晒水兵的衣服。军官们破坏禁令，偕眷上岸居住，夜宿舰上的不满半数;丁汝昌带头违纪，在岸上建房出租，赚取租金，自蓄家伶，夜夜笙歌;军舰被用来跑运输，搞走私，日常维护经费也被克扣贪污;每当北洋封冻，舰队例行南巡之际，上海、香港的赌场、妓院里，北洋官兵逍遥买醉的影子随处可见。对此，李鸿章却不以为意，觉得“武人好色，乃其天性，但能贪慕功名，自然就我绳尺”，全然忽视了官兵爱国信念和军队纪律的塑造。
反观日本明治维新后，日本海军也聘请了不少英国人当顾问。其中，皇家海军上校英格斯作用最为关键。日本政府封他为贵族，位高权重。到日本海军日趋成熟之际，日本政府才请英国顾问体面地告退。英格斯的治军方略得到全盘继承，并日趋完善。这成为中日甲午海战时，中日双方军事力量差距甚大的原因之一。
琅威理辞职事件发生后，英国政府做出强烈反应：英外交部考虑撤回全部在华的英籍顾问。到1890年11月4日，英国政府拒绝了李鸿章另聘英国人担任海军顾问的请求，并宣布不再接纳中国海军留学生。
