抗战胜利后，何云奉令回杭州隐居。他多次写信给蒋介石和陈立夫，请求恢复公职。可是，一直杳无回音。何云直到病逝前还感慨：“我当过‘委员长’，可是委员长不认我了！”
打击接踵而来，他的女儿何林玲因为与老师恋爱，坚持要嫁，遭到了何云妻子的反对。何林玲一时想不通，竟然趁家人不在时上吊死了，何云和妻子随之病倒。
两人要看病，加上物价飞涨，何云家已是入不敷出。于是，何家值钱的东西就不停地出现在当铺里。
在病中，何云仍不断地给蒋介石写信，希望能得到他这位盟兄弟的帮助。但直到1947年6月，蒋介石在授予那些为他效忠拼命的爱将军衔时，才突然想起了何云。蒋介石特地叮嘱军事委员会，再次授予何云少将军衔。
何云听到这个消息时，已经病得话都说不出了，他只是艰难地微笑了一下，不久(1947年9月)就永远地离开了人世，病逝于故乡建德县，终年67岁。
