蒋介石气急败坏，马上赶到奉新前线，立即召集第一师训话，声色俱厉，杀气腾腾：“这次打仗，第一团团长孙元良没有得到命令便退却，应照革命军的连坐法来枪毙。这次失败，是我们革命军最不荣誉的一件事，也是北伐史上最耻辱的一页，倘使第一师不退下来的时候，我们的战事，一定不会失败；所以孙团长没有命令擅自退了下来，一定要按法枪毙。我们第一师，从前是最光荣最有名誉的军队；现在被孙团长个人毁坏，难道我们还能容忍这种败类，不枪毙他吗？”
第二天清晨，蒋介石又召集朱培德之第六军及孙元良团再次训话，重申了对孙元良的惩罚决定：“我们革命军的历史，是很光荣很名誉的。现在打下了南昌，又退回来，都是因为第一师第一团团长孙元良，没有命令，怕死退下来了，所以有这一次的失败。孙团长犯我们革命军的连坐法，我要把他枪毙。你们各位官长士兵，可晓得军法是不容情的，若是犯了连坐法，无论哪一个，都要依法枪毙的。”
自从“中山舰事件”后，共产党员被迫退出第一军，结果本是精锐的第一军思想迅速下滑、军纪败坏，战斗力大不如前。蒋介石痛定思痛，颁布了严酷的《革命军连坐法》，整顿军纪。孙元良正好撞到枪口上，大家都以为他死定了。
很快，孙元良消失了。不料，1928年，孙元良突然重新出现在大家面前，气宇轩昂，面有得色。他不仅躲过此劫，而且还去日本陆军士官学校镀了一层金。归国后，即任国民政府警卫第一旅炮兵团团长。到了1931年，已升任警卫第一师第一旅旅长。
