2007年1月，德国国家地球科学中心的研究人员经过研究后认为，是严重的干旱和随后的饥荒导致了玛雅文明的没落。他们还指出，气候的变化与“厄尔尼诺现象”存在着密切联系。当“厄尔尼诺现象”出现时，太平洋东部水域的温度会明显上升，导致正常的大气环流受到大规模破坏，这导致那些传统上湿润的温暖的地区陷入了持续的干旱。
2007年4月，又有科学家撰文称，通过近年来对玛雅木乃伊所做的医学方面的检查，证明很多玛雅城市莫名其妙地衰落下去的原因，很可能和疾病——特别是花柳病的蔓延有关。当年阿芝克人和印加人就是为了报复西班牙殖民者的入侵，而把梅毒带进了欧洲大陆。这种新型的疾病和几世纪前横行一时的黑死病一样，使死亡席卷了欧洲和亚洲。
因为考古学家们发观，玛雅人虽然创造了灿烂的文明，但也有许多让现代人无法理解的自惩习俗。他们不但要吸毒，而且会通过肛门使用毒品。上层人物经常在耳朵、舌头、手指和生殖器上钻孔取血，用来祭祀神灵。他们几乎不食肉类，在后期玛雅人的尸骨中明显地缺少蛋白质，使得他们对疾病的抵抗力和免疫力十分低下。
而事实上，在公元700—1000年间托尔特克人和阿芝克人与玛雅人接触时，也正是大部分玛雅城市莫名其妙地被废弃的时期。美国一些科学家推论说，玛雅文明遭受毁灭的原因，就是由于花柳病，因为玛雅人对这种病太缺乏免疫力。
不过，尽管这些新观点丰富了人们对玛雅之谜的解释，但要拿出足以让人信服的证据，却不是一件简单的事情。
或许，玛雅人留给后人的，根本就是一个永远也解不开的谜。
