时隔50年，一些肯尼迪遇刺解密的调查文件仍没被公开，并非只有阴谋论者期待这些资料，学术研究者同样翘首以待。无法公开可能因为这些资料涉及已故CIA雇员，并且事关美情报机关是否事发前就已知道刺杀肯尼迪的疑犯奥斯瓦尔德。
写作肯尼迪遇刺解密相关著作的英国作家安东尼·舒莫斯表示：“已经过了50年，我认为没理由再进行封存，一些资料继续被保密，当局就是在鼓励公众相信，他们隐瞒着一些罪恶的东西。”1963年，肯尼迪在达拉斯遇刺身亡，由于资料长期保密，各种阴谋论也应运而生。
肯尼迪尸体
这一论点来自奥斯瓦尔德曾与克格勃有过密切接触的实际情况，但是有资料表明，当时克格勃并没有很重视奥斯瓦尔德，认为他只是一个“懒惰，而且满嘴抱怨的美国人”，没有利用价值。奥斯瓦尔德还因为克格勃对他的冷漠，差一点在莫斯科自杀身亡呢。
在案发后，克格勃不仅否认曾经参与行动，还特地严肃调查了所有与奥斯瓦尔德在苏联有过接触的人，并向美国政府提供了可信的资料，最终获得了《沃伦报告》的认可，克格勃没有趟刺杀总统的“浑水”。
上个世纪60年代，美国黑手党势力强大。当时中情局甚至尝试借助黑手党的力量，刺杀国外的政党首领。而且有人认为，肯尼迪总统竞选的胜利与黑手党的相助有很大关系。可是肯尼迪在上台后，一边保持与黑手党上层的联系，一边又以维护社会治安的名义，打压黑手党的势力，使得黑社会成员很不满。
在今年推出的有文献特征的电视片《JFK：冒烟的枪口》里，讲述了对造成总统死亡的另一种推测。片中一位来自澳大利亚的退休探长用了四年时间，认真地研究档案材料，一次又一次勘查现场，并且借助现代先进技术，分析当时的枪声、总统中枪的部位和弹道痕迹。探长认为，杀手的枪一响，正在总统车后的特勤局保卫人员震惊中拔枪反击，却不慎忙中走火，而他射出的子弹正好击中了肯尼迪的右后脑，致他死命。
上个世纪中叶，美国在越南旷日持久的战争令人积怨已久，越南爱国人士和国际反战组织也许有理由联系和收买曾经在前苏联居住、同情社会主义的奥斯瓦尔德出手。而美国的军火商人则从另一个角度看待这场战争。在肯尼迪总统的竞选议题中，有在下一个任期内寻求停战的意愿，而停战就意味着军火商要失去财源了，所以除掉肯尼迪是保卫“钱袋”最直接也最快捷的方式。
在肯尼迪当政的数年中，有一些政策和措施招致了一些人的怨恨。例如他没有下令援助中情局与卡斯特罗指挥的古巴革命军的对垒，导致中情局颠覆该国政权的计划失败；他要改组联邦调查局，把该局归于司法部领导，还要罢免权倾一时的胡佛局长；他同意黑人拥有选举权，招致白人至上势力的憎恨，等等。或许肯尼迪什么错事也没有做过，可是他还是令很多人不舒服。肯尼迪出身高贵，相貌堂堂，所受教育良好，有漂亮的妻子和一对超级可爱的子女，在政坛上一帆风顺，当过美国众议员和参议员，年仅42岁就入主白宫。也许，这些都是可能让某些人凭空起杀心的理由。
