在肯尼迪被宣布死亡后，他的竞选伙伴，时任副总统的林顿·约翰逊就在空中一号飞机上，宣誓就任美国第36届总统，当时有肯尼迪夫人在旁的见证。可是后来，肯尼迪夫人在去世后留下了一份录音，竟然指出，约翰逊是杀害肯尼迪的幕后黑手。肯尼迪夫人列举的证据说，约翰逊的支持者是南方的大资本家和大农场主，约翰逊出生在得州，他正是凭借得克萨斯这些亿万富翁的资助，才获得了政治资本，所以也必然要为他们说话。肯尼迪总统在1963年宣布要改革美国的税收政策，直接触犯了得州石油垄断集团的利益，于是他们密谋干掉肯尼迪，要把副总统“扶正”。肯尼迪夫人说，有证据是约翰逊力邀肯尼迪到达拉斯去，在那里他的人脉和熟悉程度，都有利于他动手。
时隔50年，一些肯尼迪遇刺解密的调查文件仍没被公开，并非只有阴谋论者期待这些资料，学术研究者同样翘首以待。随着“51区”档案被披露，肯尼迪遇刺解密又被旧事重提。无法公开可能因为这些资料涉及已故CIA雇员，并且事关美情报机关是否事发前就已知道刺杀肯尼迪的疑犯奥斯瓦尔德。
《华盛顿邮报》前记者杰弗逊·莫雷认为政府在肯尼迪遇刺解密上停滞不前是内部机制不透明，而CIA应依法解密。莫雷参与了一起长达10年要求CIA公开档案的诉讼。
写作肯尼迪相关著作的英国作家安东尼·舒莫斯表示：“已经过了50年，我认为没理由再进行封存，一些资料继续被保密，当局就是在鼓励公众相信，他们隐瞒着一些罪恶的东西。”1963年，肯尼迪在达拉斯遇刺身亡，由于资料长期保密，各种阴谋论也应运而生。
目前，大部分肯尼迪问题的研究者依据的都是上世纪90年代公布的一批资料。关于肯尼迪遇刺文件的解密在1991年发生转机，奥利佛·斯通的电影《刺杀肯尼迪》打破沉默，公众开始不断要求公开这起事件的档案。
美国国会在1992年制定了肯尼迪遇刺文件收藏法案，规定在法案通过后的25年内，也就是到2017年必须将所有文件全部公开。
肯尼迪与夫人乘坐敞篷车
根据1992年的法案建立了一个刺杀记录审查委员会，该委员会在1998年向国会和总统提交报告，公开了超过500万页的有关文件，但仍然有1%的记录因各种原因没有公布，不少人希望这部分文件能够在肯尼迪遇刺50周年（今年）向外界公开。
据美国媒体分析，法案仍然有空子可以钻。如果有关部门不愿公开某些资料，仍然会以信息可能危害“军事防御、情报行动、法律执行或对外关系”等理由，而申请不予公开。
美国国家档案和记录管理局内设的国家解密中心（NDC）工作人员米拉姆·克莱曼对新京报记者解释称，涉及同一件事的机密文件，确实有可能只公开一部分，而另外一些处于保密状态。一些文件由于高敏感性，不会在25年后自动公开。
根据奥巴马总统的13526号行政命令，任何机密信息在保密25年后就要自动公开。如有关单位不希望将信息公开，就要将秘密信息提交审核，授权将其继续保密。如公众申请解密某些资料，解密人员要进行审核。
从1980财年到2012财年，美国已经解密15.1亿页秘密信息。每个产生秘密档案的部门，比如中情局（CIA）、联邦调查局（FBI）、国防部等机构都设有专门解密人员，按规定对秘密文件进行审查和解密。
但美国政府档案数量庞大，处理文档解密的人手严重不够。为了应对庞大的积压文件，国家解密中心在2009年应运而生，专门处理积压的秘密文件。NDC会协调各个行政部门，分享解密的政策和原则，提供培训，以便尽快将大量积压的文件进行解密，其宗旨是除必须保密的之外，能够公开的一律公开。
NDC的工作人员克莱曼对新京报记者表示，NDC处理文件的解密优先顺序大部分根据秘密档案的归档时间。NDC也会综合各方意见，提出一个优先计划。优先计划最看重公众的兴趣。比如，美国国家档案和记录管理局专门开设关于档案解密的博客，举办公共论坛，介绍解密中心的工作，解答大家的问题。任何人只要上网或致电解密中心，留下姓名、电话及电子邮箱等信息，就可以参加论坛活动。
每次论坛举办前，解密中心都会依据总统行政命令的规定，综合各方意见，包括公众依据信息自由法提出的申请和通过各种网络平台收集的意见。工作人员由此提出一个解密工作的优先次序计划。论坛结束后，再根据讨论集思广益，提出一份最终报告。
