肯尼迪当选总统后，一切都变了。他开始在UFO事情上挑CIA的刺，这使得掌管着CIA大权的爱伦·杜勒斯很难受。杜勒斯年轻时就与肯尼迪的父亲相识，且关系密切。1953年就任CIA局长后仍保持往来。尽管老肯尼迪出身望族，家财显赫，但他在一个民间基金会担任要职，不时给CIA提意见和建议。
而杜勒斯也经常受邀参加肯尼迪的家庭聚会，出入其棕榈湾别墅。他是CIA最主要的创建者之一，也是1947年《国家安全法》的主要推动者。肯尼迪上台伊始，杜勒斯还分三次向新总统通报了有关CIA秘密行动的情况，包括ZR/RIFFLE（即40计划）行动。年轻的总统对CIA的所有暗杀、诡计、政丵治权术也是睁一只眼闭一只眼。但这种情况没有维持太久，总统与CIA相安无事的友好关系出现了裂痕，杜勒斯明白他主政CIA的日子不会长久了。
肯尼迪曾痴迷UFO
早在1947年9月24日，杜鲁门总统曾经明确指示，如果不是“必须需要”，原则上任何人（包括CIA局长）不得泄露任何敏丵感情报。倘若向“不必知情”的人员泄露了他“不必知道”的情况，这不但将危害到CIA，还将使花费了大量时间和金钱的事关国家安全的UFO项目完全曝光。这是任何人也不能破坏的，即使是总统。这逐渐发展成为总统与CIA之间的潜规则，彼此心照不宣。
MJ－12小组
了解杜勒斯和其忠实助手主管反谍情报工作的詹姆斯·安格列顿性格的人都能猜到肯尼迪所得到的答复。安格列顿的祖父早在MJ－12出台前就曾帮过杜勒斯大忙，尤其在反谍工作上起了很大的作用。也许是受家庭渊源影响，安格列顿在反谍领域也如鱼得水，成绩卓着，深的各届CIA主管的赏识。根据需要，他甚至可以监听、监视任何人包括社会名流的任何活动，权力非常大。根据绝密的MJ－12文件透露，毫无疑问，杜勒斯决心不与总统合作，他只是将总统的要求转给安格列顿处理。MJ－12小组是1947年9月24日经杜鲁门总统下令成丵立的一个由政丵府情报部门（CIA）、军方和一批科学家组成的专门组织，负责调查、研究有关UFO尤其是关于UFO科技方面的发展技术，目的是通过研发新技术、新武器，保持美国在世界上的领先优势和统治地位。它在冷战期间发挥了重要的作用。
