1963年11月12日，即肯尼迪总统被射杀的10天前，根据一份透露给UFO经验专家蒂姆·库帕的绝密文件，肯尼迪要求已于1961年接替杜勒斯的CIA局长约翰·麦克科恩和主管反谍的副局长安格列顿对所有秘密的CIA和空军方面UFO计划进行复查，然后将资料交给美国航空航天局局长詹姆斯·韦伯以便实施一项与苏联人共同进行的太空探险计划。
倘若属实的话，这份文件将证实这个1947年由杜鲁门总统批准成丵立的超级秘密的MJ－12的实质，也许向世人提供了肯尼迪总统在达拉斯被枪杀以及被掩盖起来的秘密线索？肯尼迪告诉CIA他打算通过美国航空航天局局长与苏联共享CIA掌握的敏丵感的UFO情报。
肯尼迪总统被射杀
同日，总统也致函韦伯表明了他期望通过与苏联人进行太空探索转调和平的立场。作为情报界的圈子成员之一的韦伯认为总统先生是想与苏联人分享绝密的UFO情报，而这是当时的指示所不允许的。在这份备忘录中，肯尼迪明确地指出了他所希望CIA透露给韦伯的内容，比如“复查那些高危案件以便确定相对于CIA和空军的消息是否处理得当”。
CIA 美国中央情报局
另外，“我们要区别已知和未知的事情，避免苏联误以为我们合作的目的是为了收集他们在国防和太空方面的情报”。最后，肯尼迪要安格列顿“安排一项与美国航空航天局项目领导在防御责任上进行资料交流的计划”。这是史无前例的，也是CIA和安格列顿完全无法接受的。备忘录被转给威廉·科比，他又手写了几个字“科比反馈安格列顿有MJ指令”，把它又交给安格列顿底下的工作人员。似乎肯尼迪的要求在安格列顿的桌子边兜了一圈寻求一致或是最终的责任又推还给了安格列顿。不管是何种情形，这都是一个他必须得解决的烫手的山芋。
