为此，他在英国开始进行颠覆活动。玛丽早在1568年就因苏格兰政变而逃到英国，被伊丽莎白所囚禁。当英国的天主教徒在西班牙的怂恿下谋刺伊丽莎白而另立玛丽时，伊丽莎白乘机处死了玛丽。腓力二世谋杀不成，就决心用武力征服英国。当时，英国的海上实力并不强大，难以与西班牙海上舰队相匹敌，只能靠海盗头子德雷克、豪金斯和雷利等人组织的海盗集团在海上袭击、拦劫西班牙运载金银的船只，进行海盗活动。而腓力二世却拥有一支庞大的舰队——“无敌舰队”。
1588年5月末，西班牙公爵梅迪纳统率的西班牙“无敌舰队”从里斯本扬帆出航。这时“无敌舰队”共有舰船134艘，船员和水手8000多人，摇桨奴隶2000多人，船上满载2．1万名步兵。显然，梅迪纳是要利用西班牙步兵的优势，运用传统战法，冲撞敌舰，在强行登舰后进行肉搏，然后夺取英国船只。不幸的是，“无敌舰队”出发不久，就在大西洋上遭遇风暴。狂风恶浪使帆船失去控制，水手们被晃得晕头转向，准备登陆的“旱鸭子”更晕得像站不住的醉汉。这样，舰队只好返港避风。待到7月，舰队又踏着大西洋的滔滔海浪，一路浩浩荡荡地驶进英吉利海峡。
