北宋哲宗时，有一个农夫在耕田时发现了传国玉玺，送至朝廷。经13位大学士依据前朝记载多方考证，认定这就是始皇帝所制传国玉玺。但是朝野也有一些有识之士怀疑它的真伪。宋靖康元年（1126年），金兵破汴梁，徽钦二帝被掠走，传国玉玺也被大金国掠走，随后便销声匿迹。
在南宋、金朝长期并存的100多年中，传国玉玺一直没有音讯。金天兴三年（1234年）正月，蒙古攻灭金朝，金哀宗自尽，并未发现传国玉玺。南宋德二年（1276年）正月，元朝攻灭南宋，宋恭帝奉上传国玉玺投降，但这是南宋自己制作的玉玺，并非秦始皇传下来的。
古来就有“得玉玺者的天下”之说
元世祖至元三十一年（1294年）正月，忽必烈去世，秦始皇的传国玉玺却神秘地在大都出现了。夏四月，在上都举行的蒙古王公贵族大会上，御史中丞崔彧将玉玺献给皇孙铁穆耳，其文曰“受命于天，既寿永昌”。铁穆耳即位，是为元成宗。此后，传国玉玺在元朝传了数代皇帝。
