洪武元年（1368年）正月，朱元璋在南京称帝，建立明朝。闰七月，元惠宗逃往蒙古草原，元朝在中原的统治结束。明洪武五年（1372年）正月，明太祖以历代传国玉玺未得，遣徐达率精兵15万，分三路攻入漠北，追击遁逃的北元朝廷，以期得到传国玉玺。双方一直战到11月，明朝大军最终还是空手而返。至此，经历了1500多年风风雨雨的传国玉玺就此湮没在漫漫的历史长河中。
明清两代，偶尔有“传国玉玺”现身之鼓噪，但是都是附会、仿造之赝品。明弘治十三年（1500年），有一名陕西人得到一块玉印，据称为传国玉玺，呈献明孝宗，但明孝宗对此深表怀疑，没有采用。
明清两代，传国玉玺被疑为附会、仿造之赝品
明末，相传由元顺帝带入漠北的传国玉玺，为其后裔林丹汗所有，林丹汗兵败之后，玺落入后金太宗皇太极手中，皇太极因此称皇帝，定国号为“大清”，表示要占领中原，取代明朝的统治。
