南宋庆元年间(1195～1200年)，基于对雷峰塔的保护，为了让饱受战争蹂躏的古塔得以重现昔日光彩，官府决定对全塔展开重修工程。此次重修，塔身由原来的七层减至五层，但依然耸立西湖南岸。黄昏时分，雷峰塔与落日相印生辉，被命名为“雷峰夕照”。重修后的雷峰塔深得喜好游山玩水的南宋统治者的青睐，一时之间，更是成为宫廷画师争相描绘的主要题材。
明代倭寇患乱，嘉靖三十四年(1555年)，倭寇一路杀戮到杭州城外，雷峰塔再次遭到战火的袭击。当时的倭酋看见雷峰塔，便怀疑塔内藏有明军的伏兵，于是下令放火烧塔。此次纵火，致使雷峰塔外围的木构檐廊被烧毁，最后仅存砖砌的塔身(心)。没多久，塔顶也遭毁，杂草丛生，雀鸟安巢。明末杭州名士闻启祥将其与湖对岸的保俶塔合在一起评论为：“湖上两浮屠，雷峰如老衲，保俶如美人。”年岁已600多年的古塔虽显得老态龙钟，却依然坚强挺立。从明末到清代前期，雷峰塔更是以其展现的残缺美成为西湖十景中最让人津津乐道的名胜古迹之一。
清末民初时局动荡，百姓生活苦不堪言。当时市井乡间竟流传着雷峰塔塔砖能“辟邪”、“宜男”、“利蚕”等，对现实与未来充满彷徨与无助的人们纷纷想方设法地前来盗取雷峰塔的塔砖，并视为珍宝。本就残破的雷峰塔经众人挖取后，更是难堪重负，于1924年9月25日，轰然倒塌。而在部分塔砖中秘藏的《一切如来心秘密全身舍利宝箧印陀罗尼经》经卷重见天日，但“雷峰夕照”的美景却不复存在。雷峰塔一倒，社会各界人士纷纷期盼能再次重建这座古塔。
