第二类是被烧毁说：至于被烧毁的时间，就存在两种看法。
一种认为，发生在明亡之际，李自成领导农民起义，肆意烧毁，《永乐大典》正本可能就毁于一旦。至明末清初，皇宫内外就有人疑窦丛生了。如明末宦官刘若愚在《酌中志》里提出：“旧《永乐大典》二部，今又见贮于何处也?”
明末清初的著名学者顾炎武在《日知录》里表示《永乐大典》正本“全部亡佚”。
郭沫若也持此说法，他在《重印永乐大典序》中说：“从此正本与副本分藏于文渊阁与皇史宬。明亡之际，文渊阁被焚，正本可能毁于此时。”
另一种认为，清代初年《永乐大典》正本改贮乾清宫，嘉庆二年(1797)乾清宫发生过一场大火，《永乐大典》正本未能幸免于难。不过，就在乾隆年间，《永乐大典》正本的存在与否就值得怀疑。乾隆初编制的《天禄琳琅书目》里就没收《永乐大典》正本，而编制时是将宫中的善本集中于乾清宫旁的昭仁殿的。乾隆帝就曾赋诗表示过对不见《永乐大典》正本的无奈：“《大典》犹看永乐传，搜罗颇见费心坚。简及释道欠精覆，久阅沧桑惜弗全。”
永乐大典是在哪里编成的，永乐大典正本下落，永乐大典是在明成祖朱棣令解缙等人编成的，历时5年，参与人数3000余人，收入古书七八千种，但永乐大典编成后正本下落不详。
第三类是被藏在夹墙说：明代的皇史宬是皇家档案库，专门存放《实录》、《圣训》、《玉牒》类。重录本藏于皇史宬。有人认为，《永乐大典》正本即藏在皇史宬的夹墙内，以备不测。皇史宬全砖石结构，抵防水火性能极强，而皇史宬大殿墙壁构造与其他建筑很不一般，它的东西墙厚度达3.5米，南北墙厚度达6.1米，这一奇特之处用意何在呢?将《永乐大典》正本秘藏在皇史宬的夹墙内，是有可能的。
沧海曾经难为水。不过，很值得欣慰的是，解放后，新中国注重文化遗产，对《永乐大典》副本不断收集，并影印出版，功在当世，利在千秋。
《永乐大典》是一代雄主明成祖朱棣令解缙等人主持纂修的，参与其事的官员与生儒3000余人，历时5年告成。全书收入古书七八千种之多，按《洪武正韵》编辑，共计22937卷，装成11095册，约计3.7亿字。这在历史上是巨书，可谓卷帙浩繁，洋洋大观。大典不仅是我国历史上最早最大的一部百科全书式的类书，是我国文化宝库中的珍品，而且也是世界上最早最大的一部百科全书，在世界文化史上占有重要地位。
《永乐大典》修成后，因工费巨大，没有刻板付印，只是清抄了一部。因修书在京都，清抄本与原稿本就贮藏在南京文渊阁里。后来明朝从南京迁都北京，《永乐大典》清抄本也北迁了，藏于北京皇宫三大殿附近的文楼内。嘉靖三十六年皇宫三大殿失火，由于明世宗朱厚熜令人大力抢救，才使大典免于被毁。
为预防不测，世宗于嘉靖四十一年明令“重录一部，贮之他所”，于是命礼部左侍郎高拱与国子监司业张居正“各解原务，入馆校录”，并调集儒士百余人，就史馆分录(《明世宗实录》卷512，嘉靖四十一年八月乙丑)。历时五年，至隆庆元年初，重录事成，从此，《永乐大典》有了正、副两个本子，两处收藏。原来清抄的正本藏于北京文渊阁，重录的副本藏于皇史宬(即皇家档案库)。
明朝末年，原来藏于南京文渊阁的原稿本早已化为乌有，而仅存于北京皇史宬的副本也历经劫难，弄得残缺不全。清雍正时，副本由皇史宬移藏翰林院，其时清查，已有残缺。乾隆年间，纂修《四库全书》时，又丢失了许多，只存9000余册，散失2000多册，光绪二十六年(1900)，八国联军入侵北京，翰林院被焚，副本几乎付之一炬，没有被烧的也大都被侵略者盗运回国。
因此，在国外的拍卖行，时有大典的本子出现。现在国外公私图书馆还保存有大典的本子。据有关部门统计，目前散存于世界各地的大典本子约800卷。经多方访查整理后，已由中华书局影印出版了797卷，大约相当于原书的3%。
珍爱古籍令藏家甘愿转手
2007年11月，全国古籍普查专家组赴华东核查古籍善本，程有庆与中国社科院的杨成凯、故宫博物院的施安昌以及文物出版社的孟宪钧一道，来到上海进行普查工作。施安昌告诉大家，他有一位现移民海外的老邻居这两天正在上海，自称手中有《永乐大典》中的两册“孤本”并想要鉴定。当时他们四人都认为，《永乐大典》在民间发现的概率很低，用程有庆的话是“几乎不抱任何希望”。
等见到这位姓袁的藏家并从她手中拿到书时，凭借多年经验，程有庆很快认定其中一册是影印版;而另一册从文字、内容、装帧风格各个方面，跟他曾见过的《永乐大典》善本模样如出一辙。“虽不敢相信，但凭经验来看，它是真的。”程有庆说。四人中只有程有庆在国家图书馆工作，更加熟悉《永乐大典》实物，因此几位专家都推举他作为主看，听取他的鉴定意见。“并不是我有什么特权，半辈子与古籍打交道，古籍馆在这方面有最为充足的资源。我们看多了、看久了，判断真伪可能更有经验。”程有庆向编者解释道。当时，他细细翻阅每一页，如手捧至宝，对古籍的珍爱溢于言表，这些都被一旁观察的袁女士看在眼里。
