不过当然，对于武士而言，绝不会只有切腹一种刑罚。过事实上，武士中最高等级的刑罚应是斩首，但这种刑罚对武士而言是没有荣誉的，因此出于为了维护武士荣誉的角度出发，只要武士在临刑前表现出悔罪的态度，通常都会改以切腹执行，到后来甚至会直接判处切腹。比斩首更为残酷的磔刑到江户时期基本已经消失了。
比切腹轻一些的刑罚被称为“远岛”(即流放至远方的岛屿上)。在此之下，依刑罚从重到轻的顺序，武士在犯罪或犯错时所受的刑罚分别有相当于解雇成为浪人的“召放”，关入在自家内宅修建的禁闭所的“押”；相当于进逼在家的“闭门”或“谨慎”以及口头给予警告处分的“叱”。除此以外，当武士以外的农民或商人被判处刑罚之时，除了可能遭遇磔刑以外，在罪责较轻时可能会在奉行吃板子、交罚金等。相比之下，武士除切腹以外，一切刑罚都不会遭遇皮肉之伤。这不仅是武士特权的体现，而且对于极为重视荣誉的大部分武士而言，对其进行处罚本身便已足够使他得到警醒了。
作为武士刑罚的代名词，切腹最早诞生于平安时代末期。1156年保元之乱中与平氏以及自己兄长源义朝作战失败的源为朝被流放到了伊豆大岛，后因再次起兵对抗朝廷而被剿灭，而他本人则在自杀时首次“发明”了切腹这一形式。他在战败之后，用刀将自己的肠子挑了出来，想要抛到对方脸上。
