据查明，令总统恼火的原因，是处理最机密情报和事件的绝密机构——MJ12小组和某外星智能生物之间缔结了秘密协定。据说这个小组的使命首选是掌握关于飞碟和外星人的一切情报，其次是对回收的飞碟残骸及外星人尸体进行分析研究，此外还有宰杀动物切割尸体运走体内器官研究等内容。
肯尼迪夫人杰奎琳在总统遇刺后曾对友人流露出她的惊恐，说她感到生活在一个可怕的阴谋之中。不久，她就带着肯尼迪的两个孩子突然嫁给了希腊船王奥纳西斯，永远离开了美国，这场婚姻被看作是某种交换，即肯尼迪夫人不把所看到的真相向外界泄露，才能换取生存。
绝密情报机构MJ12小组和某外星智能生物之间缔结了秘密协定
所以一直有这种说法，这场充满疑惑的刺杀案，是肯尼迪不顾美国政府的阻止准备要公布外星人的信息，于是政府内部处理这些绝密事件的最高机密部门策划了这场刺杀事件。
更加深人们的疑惑的是，肯尼迪的继任者约翰逊总统规定，有关肯尼迪被刺真相的所有文件、档案和证据要直到2039年才解密。
约翰逊
约翰逊在美国的UFO研究史中扮演了很重要的角色
美国的第三十六任总统，林登▪约翰逊曾是肯尼迪总统时的副总统。1961年9月，他就有关外星人访问地球的问题回复了来自UFO研究者的信件。
约翰逊在给他的回信中说，让那位UFO研究者去找美国国家航空航天局的局长，而不是去找空军。就是这位总统在美国的UFO研究史中扮演了很重要的角色。
