在南云倾尽全力执行第二波攻击任务的同时，尼米兹命令117架鱼雷机、俯冲式轰炸机起飞，直接奔向200海里之外的南云舰队。目标只有一个——炸沉日军的航空母舰战斗群。
很快，南云中将接到了他应该在两个小时前接到的情报：由美军航母组成的特混舰队已经接近日军舰队。而此时，南云的舰队已经忙碌不堪。因为在获悉美军的舰队中有航空母舰后，南云立即下令正在换装炸弹的飞机重新换装鱼雷，这样的折腾可就让日军航母炸了锅。为了赶时间，从飞机上换下来的炸弹就随便扔在甲板上。但这带来了一个新的问题，那就是第一波轰炸中途岛的飞机即将返航，如果不清出跑道，它们就得掉进海里。
这还不是南云中将面临的全部问题，接踵而来的是中途岛再次起飞40架轰炸机前来攻击。对付这40架轰炸机并不是问题，问题是尾随这40架飞机而来的还有28架轰炸机——它们是从“约克郡号”航母上起飞的。这真是让南云目瞪口呆，因为原本应该两周后才能投入战斗的“约克郡号”只用72小时就完成了大修，并且在最后一刻赶到了战场。
