在美军各型战斗机、轰炸机的轮番轰炸中，南云的舰队只有招架之功，没有还手之力。但是，日军并不是徒有虚名的，在美军突如其来的密集攻击下，只有招架之功的日军反击居然卓有成效。在不到一个小时的时间里，147架美军各类型飞机被日军击落，几乎是摩肩接踵地往海里掉。一个小时前还哼着小曲的飞行员就在战友的目视中牺牲，而目视战友牺牲的飞行员很快也步其后尘，栽入黑??的太平洋。这种牺牲相当惨烈，却是值得的。为了躲避他们的鱼雷攻击和俯冲式轰炸，日军的航母不得不拼命地摆动船舵。这种摇头摆尾的姿态不仅让那些返航的战斗机无从降落，也让在航母上加油和更换炸弹的飞机无法起飞。
猛烈的战斗持续了90分钟，日军的3艘航母变成了三团火球，堆放在甲板上等待起飞的飞机、燃料和弹药引起大爆炸，火光直冲云霄，三艘航空母舰被摧毁了。它们中，有山本五十六大将曾经的座驾、日军25艘航母中最精锐的“赤诚号”。坐在旗舰“大和”号的舰桥上，山本五十六眼睁睁地看着“赤诚号”航母在熊熊火光中沉没。他无精打采地喝着小米粥，眼睛直勾勾地凝视着在火海中努力挣扎的航母。作为凝聚了辉煌记忆的座驾，“赤诚号”的挣扎在山本看来是那样悲情，也是那样无奈。中途岛淹没的不光是海军大将山本五十六昔日的光荣，也淹没了日本海军未来的梦想。
但是东京却不这么看。在中途岛海战结束三天后，东京的电台播放了嘹亮的海军曲，宣称日本在中途岛海战中获胜，日本已经成为太平洋上的最强国。更离谱的是，当山本五十六带着惨败的舰队灰头土脸地回到驻地时，东京竟然组织市民举行灯笼游行，庆祝日本在中途岛海战中的所谓胜利。
