从此，中国历史翻开了新的一页，天授元年（690）九月，武则天在儿子睿宗和群臣的拥戴下，改唐建周，成为中国历史上唯一一位女皇帝。而此刻的睿宗深知自己处境危险，唯有取得母亲的信任才能苟活。于是，他一面极力辞让天下，一面恳请武则天将自己赐姓武，以表忠心。于是，唐睿宗就被降为皇嗣，赐姓武，徙居东宫。本来已经登基的皇帝，却突然变成了皇太子，虽然名分上不是，但实际也就是候补性质的皇位继承人。这就是唐睿宗第一次让天下，通过这一让，睿宗看似暂时摆脱了危险，其实却危机四伏。
在让位后不久，作为皇嗣的睿宗本来打算安安静静地过自己的生活，却不想被武则天宠信的户婢韦团儿看中，睿宗自然不敢招惹，便断然决绝了她的情意。没想到韦团儿因爱生恨，就暗中在睿宗的妃子刘氏和德妃窦氏的住所分别埋了一个木头人，然后告发她们行巫蛊妖法，诅咒武则天。巫蛊之术历来是宫廷禁忌，一旦被举发往往满门获罪，汉武帝晚年的巫蛊之祸连太子一门都惨遭灭族。在长寿二年（693）正月初二，刘氏、窦氏就被秘密召进宫中，被武则天处死在嘉豫殿。对于两个妃子的离奇失踪，睿宗大概也知道其中的蹊跷，但是不敢发问，在武则天面前仍然装作泰然自若的样子，好像一切都没有发生过。由此也可看出他的“忍功”修炼的境界之高，否则在波诡云谲的宫廷斗争中是无法存活的。
让太子于兄长
唐睿宗第二次让位不同于第一次，因为他此刻已经被贬为皇嗣，出让的便只能是太子的位置了。圣历元年（698）三月，武则天将废黜为庐陵王的中宗从房陵召回，显然有意让中宗成为皇位的继承人。继第一次让皇位于武则天后，睿宗已经退居皇太子之位了，为了避免和皇兄的政治斗争，他便故意称病不朝，肯请让太子之位于中宗。
于是，武则天便成全了睿宗让位的请求，名正言顺地封中宗为太子，而睿宗则被封为相王。这次让位，睿宗再次聪明地避开了宫廷斗争，保全了自己，而且也赢得了中宗一定程度的信任。
神龙元年（705）张柬之等发动政变，杀死张昌宗、张易之兄弟，逼武则天退位，拥立中宗。中宗即位之后，便封睿宗为安国相王，拜太尉，让他以宰相身份参与国政。但是，一贯辞让的睿宗连宰相也不愿做，而是坚决请辞。后来中宗又想封他做皇太弟，继承自己的皇位，睿宗也坚决推辞。正是由于睿宗的谦让，在中宗复辟以后的政治旋涡中，虽然他也屡屡遭受猜忌，但终究保得平安。
